Ya varias veces me ha pasado en gnome que la asociacion de archivos-aplicaciones se pierde en un bug del programa que sincroniza el reloj con los servidores de internet.
Y quita permisos de ejecucion a ldconfig, mime-update-database por lo que las primeras veces hasta reinstale todo el escritorio y no se solucionaba el problema, pero recargando las baterias me di cuenta que era algo demasiado simple, agregar en el rc.M la actualizacion de mime types a la carpeta donde estan instalados y ya.

if [ -x /usr/bin/update-mime-database -a -d /usr/share/mime ]; then
echo "Updating MIME database: /usr/bin/update-mime-database /usr/share/mime &"
/usr/bin/update-mime-database /usr/share/mime &
fi

Y pensar que pase 1 dia entero intentando arreglar. ;-)